对于企业的创始人来讲，如何设计员工薪酬制度是在企业创建之初就面临的重要问题之一。
这个问题的复杂性在于：首先，员工有不同的层次，对不同层次的员工采取何种不同的激励制度？其次，有各种薪酬制度可供选择，如员工持股、期权制、远期来讲还有MBO(经理层收购)，等等，哪一种制度最适合你的企业？另外，随着企业的发展，企业的薪酬制度是否应该作相应的调整？
总的来看，初创企业的薪酬设计采取如下原则
一、高工资、低福利的原则
二、简明、实用原则
三、增加激励力度
四、建立绩效工资制度
企业内部可以分为技术高度密集型岗位、部门和一般经营、服务型两类。两者在工薪制度上将有所区别：技术高度密集型岗位，企业对所招募的员工有比较强的依赖性，所以为了招募到技术人才，在工薪设计上必须考虑企业的长远发展目标和相对的稳定性。为此，工薪制度应采取灵活的组合方式；如直接给股份、高薪加高福利等。
对于一般经营、服务型部门和岗位，应采用岗位、级别的等级工薪制度。该项制度建立得越早越好。根据企业的岗位需求和实际能力，以及员工的实际能力和水平，有目的的定岗、定员和定级、定薪。员工进入企业有明确的个人定位及发展目标，岗位的变化与薪水具有必然的联系。
企业的工薪制度和激励制度是两个不同的制度，尤其是初创企业更要加以区分，否则会导致基本工薪制度与激励制度的混乱，使员工的工作热情受到打击。企业管理者要对作出杰出贡献的员工给予激励，就不能采用在原岗位直接加薪的简单方法；而应采用一次性奖励或升职加薪的方法。
同时薪酬设计要注意两个方面的问题
1、避免差距过大
差距过大是指优秀员工与普通员工之间的报酬差异大于工作本身的差异，也有可能是干同等工作的员工之间存在着较大的差异。前者的差异过大有助于稳定优秀员工，后者的差异过大会造成员工的不满。
2、避免差距过小
差异过小是指优秀员工与普通员工之间的报酬差异小于工作本身的差异。它会引起优秀员工的不满。
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